免费在线工具载体设计软件GenSmart

近日,小编注意到南京金斯瑞开发了一个免费的在线载体设计工具GenSmartDesign,非常好用,推荐给大家!

是的,没错,终生免费,无需安装;有电脑,有网,从此,你和你的质粒更加精彩。

听听来自PM小姐姐的介绍吧:

很多年前,我还是一个大四的实习生,初次将基因工程原理中学到的关于载体关于质粒的理论运用在实践中;实习mentor随手抓了一张A4纸,拉了把椅子,就给我边画边讲如何通过设计RNAi质粒去验证某一个基因的功能。我听懂了理论,却迷失在那简陋的线条里。

(差不多就长这样)

硕士时,科研实验似乎总是螺旋式上升,借助于师兄电脑里破解版VectorNTI完成了一个又一个质粒的设计。再后来,遇见了Snapgene,大呼:哇,还有此等好用的设计软件,but,怎么还要收费……

再后来,这些都不重要了;毕竟,和团队一起开发了一个产品,更重要的是,免费;对,没有看错,终身免费!全部功能免费!元件数据库也免费!

从有想法到正式上线,这个过程很漫长。从方案初稿到定稿,不同的团队一起研究,从生物的角度,从IT开发的角度,从用户交互的角度。更熬人的是,每一次更新或者是新的功能的开发完成,都在为找testers发愁;除了外部客户,从研发到生产再到技术支持团队,在一次次被“婉拒”的“残酷”中,再一次证实,坚(hou)持(zhe)不(lian)懈(pi)是多么珍贵的品质。他们时常会对我说,如果你不加某个功能,客户是不会喜欢用的。于是,不得不再去推敲琢磨。测试,优化,一轮又一轮,从鸡年debug到狗年。乐此不疲的同时,也常常为没有所谓的灵感而心慌。

Anyway,一个基于互联网的载体设计工具,在一群不同背景的人整整2年的努力下,竟然做出来了,还申请了专利。

自打互联网出现了以后,这世界就变的太快,快的让我们都来不及去学习;而在生物学及生物医学研究领域,像载体设计这样的基础工具却适应不了这新的时代,只因为变革,需要付出;在这寻求利润的物质年代,也许,能够为此付出的也只有“MakeResearchEasy”的GenScript;毕竟,这是一笔不小的投入。

对不起,我们来晚了,但我们终究还是来了。这款投入数十名开发人员,耗时2年的产品除了免费,究竟还有什么呢?

特征1:关于设计理念

与传统基于碱基序列设计不一样的是,GenSmartDesign推崇基于元件的设计理念,即所谓的partdriven。Part,即组成质粒的各个功能元件,通过不同元件的规律性组装,一个个有功能的质粒便生成了。为什么基于元件(part)的设计理念更为优越?首先,电脑程序已经能够帮助我们去辨识一个个成熟的元件,并可以绘制出来,我们还有什么理由在众多ATGC之间凌乱。其次,当下的我们都能熟练地在屏幕上划来划去或者借助于鼠标完成一个又一个复杂的动作,我们还有什么理由去依赖键盘。因此,我们要做的就是要像搭建乐高积木一样去完成我们的载体设计。现在,GenSmartDesign做到了。

特征2:关于元件数据库

在借助于其它软件做载体设计的过程中,我们经常需要在不同的数据库网站(如NCBI)之间切换,浏览器页面打开了数个,设计软件里还有数个窗口,外加本地文件夹里的多个文件……GenSmartDesign内置了接近个常用载体的骨架信息文件、约0个高频元件的文件和万个常用ORF基因,也可以直接访问多个常用数据库快速接口,从此只需要在一个页面窗口就能完成以往数个窗口的数据浏览、获取等。更重要的是,GenSmartDesign是一款真正的“云”载体设计软件,从此以后就可以和硬盘上各种格式的质粒文件说byebye了;无论你在何地,只要登录到你的GenSmartDesign界面,以前用过的设计都可以随时取用。

特征3:关于交互操作

因为基于元件的设计理念,我们的操作就更接近当今的时尚,拖拖拽拽点点,几秒钟,即可完成设计。Ctrl+C,Ctrl+V,从此通通靠边站,就问你服不服?

在GenSmart里面,插入一个基因是这样操作的:

创建一个融合蛋白是这样操作的:

在质粒上替换一个基因则是这样的:

特征4:关于AI

还记得设计质粒的时候最大的痛苦是什么?检查移码突变!

对着电脑,一个一个碱基,一个一个氨基酸看了又看,生怕一眨眼就错了。痛苦万分!

其实,这样的事情最适合让计算机来完成了。感谢GenSmart的基于元件设计理念和先进的errorchecking算法,即使设计新手也不用担心引入移码突变。除了移码突变,GenSmart的errorchecking功能可以检查6种常见设计问题;不管你质粒设计的功力多深多浅,有了GenSmartDesign,从此只会Smarter。嗯,这就是AI的魅力!

本文经作者授权转发。

/End.

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